Tito rendeletére október 17.-től a bánsági, bácskai és a drávaszögi részeken katonai közigazgatást vezettek be, amely 1945. februárjáig tartott. Ez idő alatt folyt le a véres magyarirtás zöme az Ivan Rukavina tábornok felügyelete alatti területen.
A szerbek, akik a háborút kisebbségként élték át, ekkor egy győztes ország katonájának mondhatták magukat, a magyarság viszont ismét kisebbségbe szorult.
A helybéli délszláv lakosság és a gyorsan visszatérő kitelepítettek mindenért meg akartak fizetni, bosszúvágyuk sok helyütt válogatás nélküli öldöklésbe csapott át, ami sok ártatlan magyar életét követelte a Délvidéken.
1944. október 2.-án a Jugoszláv Kommunista Párt Tartományi Bizottsága szerint a hatalmat a Vajdaságban is a Népfelszabadító Bizottságoknak kell gyakorolnia. Ezek legfontosabb feladatai közé tartozott, hogy saját kezelésbe vegyék az állami tulajdonban lévő gyárakat, kobozzák el a megszállókkal együttműködők vagyonát és a leghatározottabban lépjenek fel az ötödik hadoszlop ellen – itt különösen a svábokat és a magyarokat értették–, akik „megsemmisítették, kirabolták és durván bántalmazták népünket."
Nikola Petrovics, a JKP Tartományi Bizottságának tagja a Vajdasági Népfelszabadító Egységfront lapjában, a Slobodna Vojvodinában egyenesen „történelmi határozatnak" nevezte a katonai közigazgatás bevezetését. (lásd: Tudástár)
A jugoszláv katonai közigazgatás szigorú katonai kontroll alatt engedélyezte a néphatalmi szervek működését és sürgette a népi őrségek felállítását. Szigorúan megtiltotta viszont a kisebbségeknek a népi bizottságok megalakítását. A magyaroknak és németeknek tilos volt az utazás és az anyanyelvhasználat. Sőt, kirívó esetek is előfordultak. A kényszermunkára kirendelt óbecsei magyaroknak és németeknek a könnyebb ellenőrizhetőség végett a jobb karjukon fehér karszalagot kellett viselniük.
A katonai közigazgatás bevezetésére tulajdonképpen azért volt szükség, hogy nemzeti alapon kétségtelenné tegye a terület hovatartozását. Tito szerint: „Azok a rendkívüli körülmények, amelyek között e területek a megszállás idején éltek, valamint annak szükségessége, hogy minél gyorsabban és teljesebben hárítsunk el minden olyan szerencsétlenséget, amelyet a megszállók és az ide telepített idegen elemek okoztak népünknek, valamint a gazdaság teljes mobilizálása a népfelszabadító háború minél sikeresebb folytatása érdekében megköveteli, hogy kezdetben minden hatalom a hadsereg kezében legyen."
Az „ide telepített elemeken" a helyi németeket és a magyarokat értették, a cél tulajdonképpen – ahogyan Ivan Rukavina fogalmazott – „a terület délszláv jellegének megőrzése" volt.
Emellett Tito félt a magyarok esetleges ellenállásától, ezért a megtorló intézkedések egyik okának a bizalmatlanság tekinthető. Az újvidéki Magyar Szó 1990 nyarán Közös Íróasztalunk című rovatában írta Juhász Géza újvidéki főiskolai tanár, író visszaemlékezését, miszerint egy alkalommal magyarországi antifasiszta harcosok küldöttsége járt náluk, s ő a tolmács szerepét töltötte be a jugoszláv és a magyar küldöttség között. A jugoszláv küldöttség egyik tagja ekkor elmondta a magyar küldöttség egyik tagjának, hogy a megtorlást megelőzően egy szerb delegáció kereste fel a főparancsnokot, kérve, hogy hagyja jóvá a magyarok megbüntetését az 1942-es események miatt. Ekkor Tito rábólintott a magyarirtásra.
Nagyon fontos kimondani, ami ma már bizonyított, hogy ezek a kivégzések Tito tudtával és beleegyezésével történtek, a legtöbb helyen szervezetten, a partizánalakulatok aktív részvételével. Felelőtlen viszont az a kijelentés, hogy ezeket a kivégzéseket csak a hivatalos partizánalakulatok, az ún. „büntetőszázadok" hajtották végre. Számos helytörténeti munka mutat rá arra, hogy sok helységben a civil szerb lakosság is részt vett a magyarok likvidálásában és kínzásában.
A katonai közigazgatás parancsnokául a már említettek szerint Ivan Rukavina vezérőrnagyot nevezték ki, ő Titóval közvetlen kapcsolatban állt.
Isza Jovanovics, aki a Vajdaság megszállása idején a Kommunista Párt tartományi szervezőtitkára volt, későbbi emlékirataiban elismerte, hogy ezekben a gyilkosságokban a katonaság is részt vett és sok ártatlan ember esett áldozatul.
Azok a személyek, akik valamiféle bűnvádi eljárásban vádlottak lehettek volna, gyakorlatilag elmenekültek. Már egy hónappal a megszállás előtt megérkeztek az első sváb menekültek Bánátból. Voltak közöttük magyarok is. Az itt élő magyarság legnagyobb része azonban – polgári lakosság lévén – semmilyen háborús bűnnel nem volt terhelve, azért is maradt otthonában.
A helyben maradó bácskai magyaroknak súlyos árat kellett fizetniük főleg az 1944. október-decemberi időszakban. Egyes vélemények szerint ötezer, más helytörténeti kutatások, források alapján több tízezres, összességében akár negyvenezres számot is meghaladó ártatlan magyar – köztük sok nő és gyerek – vált a partizánok áldozatává. Szinte valamennyiüknek azon kívül, hogy magyarnak születettek és magyarnak vallották magukat, más bűnük nem volt. Halálos ítéletnek számított, ha valakiről ezekben a napokban kiderült, hogy tagja volt a Nyilaskeresztes Pártnak (függetlenül attól, hogy az illető bűnös volt, vagy sem), esetleg magyar katonaként, vagy más egyenruhás testületben szolgált és nem menekült el idejekorán. Sokan estek áldozatul szerb polgártársaik személyes bosszújának is. Ezeknek a vádaskodásoknak legtöbbször semmiféle alapja nem volt. A hátteret általában a megvádolt magyar anyagi javainak megszerzése jelentette.
A helytörténeti kutatások rávilágítanak arra, hogy legtöbb helységben heteken át kínozták, csonkították az embereket a kivégzés előtt. A katolikus egyház iránt táplált érzelmeiket a papokon torolták meg. A papokat válogatott kínzásokban részesítették.
A „mentő" rendeletet Ivan Rukavina vezérőrnagy december 1-jén adta ki. A rendelet szövege rendelkezésünkre áll, természetesen szerb nyelven íródott. (lásd: Tudástár)
Az okmány eljutott a katonai közigazgatás helyi szerveihez. A mentő rendelet ellenére folytatódott a kegyetlenkedés, még 1945-ben is voltak nyilvános kivégzések.
A gyilkolások – október-december folyamán – hirtelen felduzzadt száma magát Titót is megdöbbentette. Mivel félt a nemzetközi felháborodástól, 1945. január 27-én rendeletet hozott, amely szerint február 15-ig a hadseregnek mindenütt át kell adnia helyét a polgári hatóságoknak és csak a háborús bűnök torolhatók meg. Ezzel szemben még 1946-ban is voltak nyilvános kivégzések.
Ide kívánkozik, hogy a legyilkoltak mellett rengeteg embert hurcoltak gyűjtőtáborokba, akik egy része ott is pusztult. Csurog egész magyar lakosságát –a csecsemőtől az aggastyánig– 1945. január 23-án indították el a járeki haláltáborba. Több mint ötven tábor volt Jugoszlávia területén (pl. Jarek (Backi Jarak), Szépliget (Gajdobra), Dunabökény (Bukin, Mladenovo), Ðakovo, stb.).
Azok a községek is említést érdemelnek, ahol nem történtek vérengzések, sem a magyar hatóságok, sem pedig később, a szerbek részéről. Itt főleg az egymás iránti tolerancia segített. Ilyen helységek: Bajsa, –ahol a becsületes, jobbérzésű szerbek gátolták meg a vérengzést– továbbá Kispiac, Nemes Miletics (Svetozár Miletics).